ARHEOLOŠKA DEDIŠČINA
Jamo smemo, glede na bogate favnistične ostanke jamskega medveda, proglasiti za brlog jamskega medveda. V jami je bila odkrita redka vrsta jamskega medveda Ursus Ladinicus - datirano v čas 51 000 do 43 000 BC. V najstarejšem obdobju - obdobju paleolitika (70 000 do 20 000 pr. n. št.) imamo skromne dokaze, da je človek obiskal jamo vsaj dvakrat. O tem pričajo razpršeni drobci lesnega oglja, pet kosov kamnitih orodij in obilica favnističnih ostankov.
Šele v času poznega neolitika in eneolitika lahko govorimo o Ajdovski jami kot sakralnem objektu. Prvič zasledimo namensko opravljene posege v sami jami. Pokaže se tendenca zapiranja jame in sicer s suhim zidom na začetku desnega hodnika in velikim skalnim blokom ob desni jamski steni na začetku levega hodnika. Dokazano je, da sta bila v rabi kot grobišče levi hodnik z obema stranskima rovoma in centralna dvorana. Ni materialnih dokazov, da bi imel tudi desni hodnik vlogo grobišča. Domnevamo, da so se na tem prostoru izvajali pogrebni rituali. V njem so izpostavljali mrtve, da so strohneli in šele za tem opravili ponovni oz. dokončni pokop v centralni dvorani oz. levem hodniku.
V poznejših obdobjih tj. v fazi zatočišča (časovno proti koncu eneolitika, v rimskem obdobju in visokem srednjem veku) je jama prevzela vlogo naravnega pribežališča. Vanjo so se zatekali okoliški prebivalci v času nevarnosti.
ZGODOVINA RAZISKAV
Kot arheološko najdišče je Ajdovska jama znana že v 19. stol. 1884 je prvič kopal v jami starinokop Jernej Pečnik (njegov podpis s pripisom je ohranjen v jami še sedaj). S poizkusnimi sondiranji je Srečko Brodar v letu 1938 odkril izredno bogate holocenske plasti, prisotnost plejstocenskega človeka pa mu ni uspelo dokazati. Prelomnico v raziskavah jame pomenijo sistematična arheološka raziskovanja v letu 1967, ki jih je izvedla P. Korošec. Prvič je opredelila namembnost jamskih prostorov, jamo definirala kot podzemno pokopališče oz. nekropolo in kot prostor, v katerem so častili spomin umrlih in zagrobno življenje. Zaradi izjemne odmevnosti samih najdb so se 1982. leta, na pobudo Katedre za prazgodovinsko arheologijo predkovinskih dob Filozofske fakultete, Univerze v Ljubljani, pričela interdisciplinarno usmerjena raziskovanja (vodja Milena Horvat), ki so trajala do leta 1993. V okviru bilateralnega sodelovanja Oddelka za geologijo, Naravoslovnotehniške fakultete, Univerze v Ljubljani in Inštituta za paleontologijo, Univerze na Dunaju je bilo pod vodstvom V. Pohar in G. Rabederja izvedeno v letu 2002 tudi vzorčenje pleistocenskih sedimentov in preučevanje fosilnih ostankov zlasti jamskega medveda.
GROBIŠČE
Jame so nedvomno specifični tip grobišča v prazgodovini, ki je bil vezan na verovanja in kult tu pokopanih prebivalcev. V primeru Ajdovske jame ne gre za posamezne med seboj ločene grobove, temveč za skupinske grobnice, v katere je bilo položeno več trupel. Raziskave so pokazale, da tudi kurišča sodijo h kultu mrtvih in sestavljajo določene celote z grobnicami (Ugotovljenih je 6 skupin pokopov - štiri v levem hodniku in dve v centralni dvorani).
Dogajanje v jami lahko na podlagi skrbnega dela preteklih raziskovalcev danes lahko vsaj v grobem rekonstruiramo. Pogrebci so umrle položili v desni hodnik, kjer so se izvajali pogrebni rituali. Pokojnike so izpostavili zraku, da so strohneli. Da živali ne bi raznašale posmrtnih ostankov pokojnikov, so vhod (desni hodnik) zaprli s suhim zidom, katerega so po potrebi (ob vnovični smrti v družini ali skupnosti) odprli. Po preteku določenega časa so pripravili vnovični pokop v centralni dvorani oz. levem hodniku. Pri tem niso izkopali grobne jame, ampak so kostne ostanke pokojnika položili na delno izravnano površino. Ker so kostni ostanki pokojnikov pomešani med seboj, ne moremo določiti lege (ali gre za skrčeno ali iztegnjeno) niti orientacije skeletov. Posamezne skupine pokopov so ločili od ostale jamske površine z vencem kamnov ali pa so jih namestili v stranske rove.
SAKRALNI OBJEKT
Prav zaradi omenjenih najdb so nekateri raziskovalci prepričani, da so se obredi odvijali tudi ob ritualnih obiskih jame, da je bila torej nekakšno svetišče - sakralni objekt. Oblika prostora Ajdovske jame je preprosta, saj poenostavljena predstavlja hodnik - polkrožno obokan podolžen prostor - in dvorano - krožen centralen prostor, zaključen s centralno kupolo. Če jo imamo v mislih tako, kot je bila videti nekoč, ko je bila še v rabi, je treba priznati, da gre za spretno izbran naravno oblikovan prostor, ki z ostanki materialne kulture izpričuje svoj namen, obenem pa je dokaz, kako si je neolitski in eneolotski človek predstavljal onostranstvo ali vsaj predverje prostora, v katerem živi svoje drugo življenje. Iz navedenega sklepamo, da je bila takratna predstava o posmrtnem življenju vezana na podzemni prostor. Z vnovičnim pokopom je skupnost zaznamovala konec žalovanja, ponovno sprejetje (svojcev - torej živih) v družbeno skupnost in vključitev pokojnikovega duha v skupnost mrtvih.