Ajdovska jama je ena redkih večjih jam na območju osamljenega krasa Krškega hribovja. Odpira se v strmem pobočju kraškega dola Podjama (Kartušev dol). Je 62 m dolga vodoravna suha jama z dvema vhodoma. Levi je približno štiri metre višji od desnega. Za levim vhodom se odpira deset metrov dolg in štiri do šest metrov širok hodnik, ki se na koncu razcepi v dva slepa stranska rova. Levi hodnik povezuje šest metrov dolg, pet do osem metrov širok zvezni rov, ki pripelje do prostorne osrednje lijakaste dvorane. Strop je visoko obokan, razčlenjuje ga je več korozijskih struktur v obliki zvonov, stene so le delno zasigane. Njena prvotna oblika je danes zaradi podorov močno spremenjena. Po dvajset metrov dolgem in dva do tri metre širokem desnem hodniku, ki se strmo in zavito spušča, je centralna dvorana povezana z desnim vhodom (oziroma izhodom).
Posebnost reliefa Krškega hribovja so kraškim uvalam podobne zaprte kraške kotanje s ponikalnico, uravnanim dnom in sklenjenim višjim obodom. Ena bolj izrazitih kotanj je prav Podjama, imenovana tudi Kartušev dol. Nastala je s prepletom procesov zakrasevanja, tektonike in pogrezanja površja. Dol je nepravilnih oblik s tremi kraki, njen osrednji del pod Ajdovsko jamo meri v dolžino okoli 300 m, v širino pa 200 m. Dno zapolnjujejo debeli nanosi holocenskih sedimentov rdečerjave in sive gline. Kotanja je nastala v zgornjekrednih apnencih, ki proti površju prehajajo v flišu podobne plasti. Proti severozahodu se dol nadaljuje v ožjo dolino, kjer sta v pobočju dva izvira. Na dnu kotanje se združita in tečeta v plitvi strugi po vzhodnemu delu do ponora na dnu dola. Potok označuje plitva struga s peščenim sedimentom in kamni ter majhnimi pretoki.
Proti severu se dol zaključuje z zatrepom nad ajdovsko jamo, pod katero je občasen izvir. Voda ob povodnji bruha iz estavel, potoček po dobrih 100 metrih ponikne in verjetno teče proti končnemu ponoru na dnu dola. Voda iz Podjame se steka v 600 m oddaljen izvir srednik pod Brezovsko goro.
Jama je nastala v zgornjekrednih ploščatih sivih apnencih. Oblikoval jo vodni tok, ki se je v procesu zakrasevanja preselil v globino. ob povodnji priteka iz z bruhalnika pod desnim vhodom. Po prekinitvi hidrološke vloge so jo preoblikovali podori in korozija prenikajoče vode. Oba vhodna rova prekriva grušč. Dno dvorane zapolnjuje debel nanos gline.
S stališča vodne favne sta pomembna predvsem oba kraka s stalno vodo, v kateri je potrjena tudi prisotnost raka koščaka (Austropotamobius torrentium).
Ajdovska jama je regionalno pomembno zatočišče netopirjev. V poletnem obdobju je jama zaradi ugodnih temperatur, ki se pod stropom dvignejo do 21 °C, kotišče dveh večjih porodniških gruč: do 350 samic južnih podkovnjakov in do 270 samic vejicatih netopirjev. V jami se zadržuje tudi do 100 dolgokrilih netopirjev.
Omeniti velja še najdbe kosti redke vrste jamskega medveda Ursus ladinicus v plejstocenskih sedimentih ajdovske jame, ki kažejo, da je imela omenjena vrsta tu brlog že pred več kot 40 000 leti.
GVANO
V osrednji dvorani so tla prekrita z večjimi količinami gvana.
Po drugi svetovni vojni so domačini v Ajdovsko jamo zahajali po iztrebke netopirjev oziroma gvano, da bi z njim pognojili njive. Gvano je namreč zelo učinkovito gnojilo zaradi visoke vsebnosti treh glavnih sestavin za rast rastlin – dušika, fosforja in kalija.
RAZMNOŽEVANJE NETOPIRJEV
Netopirji se glede na njihovo velikost razmnožujejo najpočasneje med vsemi sesalci. Glede na velikost, tudi brejost “mame” traja zelo dolgo. Netopirji imajo le enega mladička na leto.
JAMA POZIMI
Pozimi, ko se temperature v jami včasih spustijo pod ledišče, so v stropnih kaminih prisotni le posameznih mali podkovnjaki, veliki podkovnjaki ter širokouhi netopirji.
